運動器のリハビリテーション治療で、最も頻度が高い症状は肩こり・腰痛です。また、骨折、骨粗しょう症、変形性膝関節症、脊椎疾患、スポーツ障害などで運動器の機能低下が認められる場合にも行われます。低下した筋力・関節の改善を図ることで、歩行、立ち上がり、階段などのADL（日常生活動作）を回復します。また、社会活動に復帰できるように障害された機能を回復します。より高度な能力が求められるスポーツ活動への復帰なども目指して行われることもあります。

スポーツ外傷には、打撲・捻挫、肉離れ・腱断裂、骨折･脱臼、靭帯損傷などがあり、現場での適切な応急処置が必要になります。スポーツ障害には、テニス肘、ゴルフ肘、野球肘、野球肩、テニスレッグ、ジャンパー膝、ランナー膝、平泳ぎ膝、グロインペイン（鼠径部痛症候群）、疲労骨折などがあります。一度の外力で生じるけがではなく、スポーツ中の繰り返し動作で生じることが多く、予防やコントロールが重要となります。また、一旦発症すると、症状が長引くことが多く、スポーツの継続・復帰のためにリハビリテーションやリハビリ機器を用いた治療が必要になることもあります。

脊髄を損傷すると手足の麻痺を生じたり、内臓が正常に働かなくなったりします。交通事故や高所転落、転倒といった外傷性のものが多いですが、血行障害や腫瘍など、非外傷性の原因もあります。現在の医療では、脊髄損傷を元に戻すことは困難です。脊髄損傷の受傷前の状態に戻すということではなく、今後の生活の自立度を上げるために身体を作り上げていくことがリハビリテーションの目標になります。